Карстен Эккерт является одним из наиболее разносторонних и востребованных блок-флейтистов нашего времени. Его страстная игра отличается яркой виртуозностью и окрашенной, выразительной кантиленой, сочетает в себе стремление к исполнительским экспериментам и музыковедческим исследованиям, что отражается в инновационных и нетрадиционных программных концепциях и концертных проектах.
После обучения в Берлинском Университете Искусств под руководством Герда Люненбюргера и Кристофа Хунтгебурта и в Высшей Школе Искусств в Амстердаме у Вальтера ван Хауве, дальнейшими стимулами для его художественной деятельности послужило не только обучение у Дитера Шнебеля, Джона Элиота Гардинера, Франса Брюггена, в электроакустической студии Берлинского университета искусств, но и его постоянное «странствование» между так называемым историческим исполнительством и музыкой 20 и 21 веков.
Он был стипендиатом Берлинского Сената, Берлинского фонда Käthe-Dorsch, а также победителем конкурса среди немецких высших школ, победителем конкурса современной музыки Nicati, и др.
Он концертирует по многочисленным городам Европы, Азии, Северной и Южной Америки как солист или в составе своего ансамбля THEATRE OF THE EARS, со швейцарскими солистами барочной музыки, с ансамблем «Oriol» (Берлин), Академией старинной музыки (Берлин), Берлинским филармоническим оркестром, Бернской Камератой, Бах-Консортом (Москва), Киевскими камерными солистами т.д. На ряду с различными европейскими фестивалями старинной музыки за последние годы его приглашали, прежде всего, в Восточную Европу и Азию, в результате чего, например, состоялся большой концертный тур вместе с Московским ансамблем барочной музыки из Санкт-Петербурга в Москву и вдоль Транссибирской магистрали по всем крупным городам Сибири.
Его объединяет плодотворное сотрудничество с различными вдохновляющими музыкантами, например, с композиторами Маурицио Писати и Ричардом Риджнвасом или виолончелистом Питером Виспелвеем, пианистом Малкольмом Билсоном, блокфлейтистами Кеесом Бёком и Гердом Люненбюргером, исполнителями на барочной скрипки Джоном Холлоуэйем, Готфридом фон дер Гольцем, Андресом Габетта и Антоном Штеке и клавесинистами Дирком Бернером и Марике Спаанс.
Он был неоднократно приглашен различными ансамблями и оркестрами в качестве художественного руководителя. Так, он дирижировал в Берне, Биле и Цюрихе барочной оперой Г. Ф. Генделя «Юлий Цезарь в Египте», высоко оцененной публикой и прессой и отрывками из оперы Ж.-Ф. Рамо «Платея». Записи на CD-дисках, радио и телевидении свидетельствуют о его деятельности. Кроме того он является одним из основателей барочного оркестра «Страсти Души».
Его вторая страсть — популяризация музыки. Он инициатор и организатор фестивалей, вызывающих большой резонанс, в их числе: «Неделя Бури и Натиска», «Фестиваль Струн», фестиваль «Страсти Души». В течение почти двух десятилетий он преподаёт блок-флейту, камерную музыку и историческое исполнительство, сначала в университете Потсдама, а затем в Государственной высшей школе музыки в Троссингене и Бернской высшей школе искусств, где он также более 12 лет до августа 2011 года руководил отделением классической музыки и курсами исполнительства в магистратуре. Он также является приглашенным доцентом, в частности, в Варшавском Университете музыки им. Фредерика Шопена, Украинской национальной академии музыки в Киеве, Харьковском национальном университете искусств и в Высшей школе искусств ArtEz в Энсхеде.
В 2012 году он получил должность профессора в Университете музыки и исполнительского искусства в Вене.

Изменения в биографии возможны только после согласования с артистом. По состоянию на август 2013.